Taman Nasional Kutai memiliki berbagai tipe vegetasi utama yaitu vegetasi hutan pantai/mangrove, hutan rawa air tawar, hutan kerangas, hutan genangan dataran rendah, hutan ulin/meranti/kapur dan hutan Dipterocarpaceae campuran. Taman nasional ini merupakan perwakilan hutan ulin yang paling luas di
